Das Bild wechselt in einen fahrenden Zug, der in City 17 ankommt. Ab diesem Zeitpunkt kontrolliert der Spieler den Protagonisten Gordon. Schon bald erweckt Gordon das Interesse der Combine und wird vor einer Festnahme nur durch Barney Calhoun gerettet, der sich in die „Zivile Sicherheit“ der Combine eingeschlichen hat und Gordon zu Dr. Kleiners Labor schickt. Auf dem Weg dorthin wird Gordon jedoch erneut vom Zivilschutz entdeckt und muss fliehen, wobei ihm Alyx Vance zur Hilfe kommt und ihn in das versteckte Labor führt.
Dort angekommen erhält Gordon einen H.E.V. Suit (Schutzanzug) und soll nun zusammen mit Alyx nach Black Mesa East teleportiert werden, wo ihr Vater arbeitet. Alyx gelangt dorthin, die Teleportation von Gordon schlägt aufgrund Dr. Kleiners Haustier, der Headcrab Lamarr, fehl, weshalb er außerhalb von Dr. Kleiners Labor landet. Von Barney bekommt er die obligatorische Brechstange und macht sich alleine auf den Weg nach Black Mesa East.