Im Jahr 2013 starten mexikanische Guerillieros einen Putsch gegen die amtierende Regierung in Mexiko. Zur Abwehr setzt die U.S. Army das Integrated Warfighter System ein, mit dem auch die Ghosts ausgerüstet werden, um die Situation zu entschärfen. Das IWS vereint fortschrittliche Waffensysteme, neueste Satellitenkommunikation und erhöhte die Überlebensfähigkeit. Während dieses Aufstands, bei dem unter anderem die amerikanische Botschaft in Mexiko-Stadt zerstört wird, wird nun die Einheit in das Krisengebiet geschickt, um den mexikanischen und amerikanischen Präsidenten zu befreien und ein geheimes Kommunikationsgerät, welches in Rebellenhände gefallen ist, zurückzugewinnen.
Nur einen Tag nach dem letzten Einsatz der Einheit, kehrt diese nach Mexiko zurück. Ein Bürgerkrieg zwischen mexikanischen Loyalisten und aufrührerischen Rebellen wird für die Vereinigten Staaten zu einer Bedrohung, die es abzuwehren gilt.